這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)碛嘘P(guān)KEGG Reaction 數(shù)據(jù)庫，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

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KEGG Reaction 是收錄酶促反應(yīng)相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫，包含了所有代謝通路中的酶促反應(yīng)和一些只在enzyme 數(shù)據(jù)庫中有記錄的酶促反應(yīng)，每條記錄用R Number 唯一標(biāo)識。

R00259 的詳細(xì)記錄如下：

每個(gè)字段的含義如下：

Entry	R00259
Name	名稱
Definition	定義
Equation	表達(dá)式
Reation Class	分類信息
Enzyme	酶促反應(yīng)對應(yīng)的酶
Pathway	包含該反應(yīng)的通路
Module	對應(yīng)的module 數(shù)據(jù)庫的信息
Orthology	酶對應(yīng)的KO信息
other DBs	第三方數(shù)據(jù)庫

這里有一個(gè)Reaction Class 的概念，kegg 根據(jù)反應(yīng)兩邊化學(xué)物質(zhì)轉(zhuǎn)換的模式將酶促反應(yīng)進(jìn)行了分類。這個(gè)轉(zhuǎn)換的模式叫做RDM 模式，R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。

kegg 官網(wǎng)給出了如下的示意圖：

在理解上面這幅圖之前，我們必須了解kegg atom type 這個(gè)概念。 kegg 對C, N, O, P, S 這5種原子根據(jù)相連的基團(tuán)進(jìn)行了分類，這個(gè)分類就是atom type;
完整的latom type 詳見以下鏈接

http://www.genome.jp/kegg/reaction/KCF.html

這里我列出了上面示意圖中涉及到的相關(guān)條目

C1a	R-CH3
C1b	R-Ch3-R
C1c	R-CH(-R)-R
C5a	R-C(=O)-R
C6a	R-C(=O)-OH
N1a	R-NH2
N1b	R-NH-R
O5a	R-c(=O)-R
O6a	R-C(=0)-OH

R  代表對應(yīng)的原子，比如C1a 中，R 代表C原子， N1a 中的R 代表N 原子。

在R00259對應(yīng)的酶促反應(yīng)中，出現(xiàn)了C00025 轉(zhuǎn)化成 C00624 的情況，這兩種物質(zhì)轉(zhuǎn)換對應(yīng)的RDM模型是怎么樣的呢？

首先將物質(zhì)的結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換成atom type 的表示模式，其實(shí)就是將分子中的每個(gè)C, N, O, P, S 用對應(yīng)的atom type 表示，然后觀察反應(yīng)前后對應(yīng)的R, D, M 分別是什么元素，就能得到對應(yīng)的RDM模型。通過RDM 模型就能知道這個(gè)反應(yīng)對應(yīng)的Reaction Class。如何準(zhǔn)確的判斷兩種物質(zhì)轉(zhuǎn)換對應(yīng)的RDM模型，官網(wǎng)上也沒有非常詳細(xì)的說明，這里我們簡單理解，知道是根據(jù)這個(gè)概念對應(yīng)reaction 進(jìn)行分類的就可以了。

總結(jié)

1.Reaction數(shù)據(jù)庫記錄了酶促反應(yīng)的信息，每個(gè)反應(yīng)用R Number 標(biāo)識；
2.對于所有的酶促反應(yīng)，kegg 通過RDM 模型對其進(jìn)行了分類。

上述就是小編為大家分享的KEGG Reaction 數(shù)據(jù)庫了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。

分享文章：KEGGReaction數(shù)據(jù)庫的原理是什么
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