R語言可視化通路富集網(wǎng)絡圖

我們輸入的數(shù)據(jù)包含 gene ID 和 vector(單樣本)部分，這里的 gene ID 是一個通用概念，可以是基因、轉錄本、酶或蛋白質(zhì)。這里的 vector 可以是樣本的表達量、倍數(shù)變化, p-value, 組蛋白修飾數(shù)據(jù)等可測量的屬性。下面我們以一個 RNA-seq 差異分析后的數(shù)據(jù)為例，來學習 pathview 的用法。

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在 KEGG PATHWAY Database 查詢,例如查詢小鼠的"Cell Cycle"這條通路:

得到通路 ID 為"04110",物種為"mmu"

我們通過指定 gene.data 和 pathway.id 來觀察我們數(shù)據(jù)里的基因在信號通路“Pathways in cancer”上的表達變化:

相比于原始的 KEGG 圖，我們可以使用 graphviz 產(chǎn)生一個新的布局，并且輸出 PDF 格式的文件:

以下是輸出結果圖

如果我們想要運行的更快一點，并且不介意輸出圖片的大小，我們可以分圖層，用 same.layer = F 將節(jié)點顏色和標簽添加到另一個圖層中，并且原來的 KEGG 基因標簽會變成官方的 gene symbols :

在此基礎上，修改 kegg.native = FALSE ，我們就可以得到一個主圖與圖例分成兩個頁面的 PDF 文件

在原始的 KEGG 視圖中，一個基因節(jié)點可能代表具有相似或者冗余功能的基因/蛋白質(zhì)，我們可以將這種包含多個基因的節(jié)點拆分成獨立的節(jié)點，這樣可以更好的從基因層面而不是節(jié)點層面來查看數(shù)據(jù)。同時也可以通過匯總基因數(shù)據(jù)來可視化節(jié)點數(shù)據(jù):

為了畫面有更好的清晰度和可讀性，默認不分裂節(jié)點，也不單獨標記每個成員基因。

代謝途徑中，除了基因節(jié)點還有化合物節(jié)點，我們可以嘗試利用代謝途徑( Propanoate metabolism)整合基因數(shù)據(jù)和化合物數(shù)據(jù)。這里的化合物數(shù)據(jù)包括代謝物、藥物，對它們的測量和它們的屬性。在這里我們?nèi)匀皇褂弥?RNA-seq 差異分析的數(shù)據(jù)作為 gene data,然后，我們生成模擬化合物或代謝組數(shù)據(jù)，并加載適當?shù)幕衔?ID 類型以進行演示:

結果如下

pathview 可以集成并將多個樣本或狀態(tài)繪制成一個圖，我們可以使用多個重復樣本模擬化合物數(shù)據(jù):

結果如下，可以看到基因節(jié)點和化合物節(jié)點被分成多份，對應不同的樣本:

我們可以根據(jù)將化合物數(shù)據(jù)分為絕對值大于 5 和小于 5 兩類，構成一組離散型數(shù)據(jù):

結果如下:

Pathview 包中的主函數(shù)是 pathview() ，有著各種參數(shù)，是我們用到最多的函數(shù)。在這篇文章中，我們介紹了 pathview()的比較常見的用法,包括包安裝，數(shù)據(jù)準備，以及其他有用的特性。我們也可以使用 pathxiew 的網(wǎng)頁版，地址是 。此外，Pathview 在數(shù)據(jù)整合方面有很強大的功能，包含 4800 個物種，能處理的數(shù)據(jù)屬性和格式包括 連續(xù)/離散數(shù)據(jù)、矩陣/矢量、單個/多個樣本數(shù)據(jù) ，包中還具有強大的 ID 轉換功能，這些都值得我們進一步探索。

生活很好，有你更好

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結論：

觀察自己的兩個數(shù)據(jù)表：

table.legend 設置為T時會顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

R語言：clusterProfiler進行GO富集分析和Gene_ID轉換

ID轉換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型

columns() ：類似于keytypes()，針對org.Hs.eg.db兩個函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

本文名稱：r語言go富集圖 r語言faithful數(shù)據(jù)集
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