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使用conda安裝EMBOSS

conda install emboss

seqret命令轉(zhuǎn)化

seqret -feature -osformat2 gff3 -outseq chr01.gff chr01.gb

這是一個java程序 我沒有安裝成功 

最開始服務(wù)器上沒有安裝java，運行java命令的時候提示我

Command 'java' not found, but can be installed with:

apt install default-jre            
apt install openjdk-11-jre-headless
apt install openjdk-8-jre-headless 

不知道這三個有什么區(qū)別，然后使用命令apt install openjdk-8-jre-headless安裝了第三個

 第三個工具是python腳本

需要安裝biopython和bcbio-gff 直接使用pip安裝

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple biopython
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple bcbio-gf

腳本內(nèi)容

import sys
from Bio import SeqIO
from BCBio import GFF

in_file = sys.argv[1]
out_file = sys.argv[2]

in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file,'w')

GFF.write(SeqIO.parse(in_handle,'gb'),out_handle)

in_handle.close()
out_handle.close()

使用方式

python convert_gb_to_gff3.py input.gb output.gff

到此，相信大家對“java gb格式注釋文件怎么轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

標(biāo)題名稱：javagb格式注釋文件怎么轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式
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