GO數(shù)據(jù)庫介紹（轉(zhuǎn)載）

類似于語義網(wǎng)絡(luò)。是為了生物界有一個(gè)統(tǒng)一的數(shù)據(jù)交流語言。 因?yàn)樵谏飳W(xué)界，存在在種種同名異義、異議同名的現(xiàn)象。為此產(chǎn)生了GO項(xiàng)目。

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GO是用一套統(tǒng)一的詞匯表來描述生物學(xué)中的分子功能、生物過程和細(xì)胞成分。其思想大概過程：對(duì)于一個(gè)基因產(chǎn)品（蛋白質(zhì)或RNA），用某些詞匯來描述它是干什么的或位于細(xì)胞哪里、或者參與了哪個(gè)生物過程，而這些詞匯就是來自GO的Term。

（1）提供生物學(xué)功能（術(shù)語）的邏輯結(jié)構(gòu)及其相互之間的關(guān)系，表現(xiàn)為有向無環(huán)圖

（2）給特定的基因產(chǎn)物（蛋白質(zhì)，非編碼RNA或大分子復(fù)合體，簡稱為'基因'）起一個(gè)特定的名字（唯一標(biāo)識(shí)該基因）

Gene Ontology（GO）中最基本的概念是term。GO里面的每一個(gè)entry都有一個(gè)唯一的數(shù)字標(biāo)記，形如GO:nnnnnnn，還有一個(gè)term名，比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding"，或者"signal transduction"。每個(gè)term都屬于一個(gè)ontology，總共有三個(gè)ontology，它們分別是

細(xì)胞成分：細(xì)胞的部分或其細(xì)胞外環(huán)境;

分子功能：基因產(chǎn)物在分子水平上的元素活性，例如結(jié)合或催化;

生物過程：具有確定開始和結(jié)束的分子事件的操作或集合，與綜合生活單元的功能有關(guān)

理由一：

在基因表達(dá)譜分析中，GO常用于提供基因功能分類標(biāo)簽和基因功能研究的背景知識(shí)。利用GO的知識(shí)體系和結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，旨在發(fā)掘與基因差異表達(dá)現(xiàn)象關(guān)聯(lián)的單個(gè)特征基因功能類或多個(gè)特征功能類的組合。

根據(jù)GO的知識(shí)體系，使用“功能類”（或者叫做“功能模塊”）這一概念具有以下優(yōu)點(diǎn)：我們認(rèn)為，單個(gè)基因的表達(dá)情況的改變不足以反映特定功能/通路的整體變化情況。因?yàn)轭愃迫祟惿鐣?huì)的組織結(jié)構(gòu)，生物體的功能的實(shí)現(xiàn)決不僅僅是依靠一兩個(gè)基因功能的改變來實(shí)現(xiàn)的。因此過分著重單個(gè)基因表達(dá)變化，將會(huì)在后期結(jié)果處理中嚴(yán)重干擾對(duì)于結(jié)果的合理分析，導(dǎo)致偏倚性加大，而且是無法避免的。因此利用GO的結(jié)構(gòu)體系，把參與同樣功能/通路的基因進(jìn)行“功能類”層面的抽象和整合，提供比基因更高一層次的抽象結(jié)論，對(duì)理解疾病的發(fā)病機(jī)制或藥物的作用機(jī)理等更有幫助。

但是該方法也存在一定的不足，由于生物體內(nèi)部的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)可能具有“scale-free network”的特點(diǎn)，個(gè)別功能重要的基因（主效基因）具有“Hub節(jié)點(diǎn)”的重要特性，它的功能改變可能對(duì)于整個(gè)網(wǎng)絡(luò)來說是至關(guān)重要的，在這點(diǎn)上，這些重要的基因又具有一定的“自私獨(dú)裁”特點(diǎn)。而“功能類”之觀點(diǎn)模糊了這種差別特性，過于強(qiáng)調(diào)“共性”，而忽視了“個(gè)性”，這也是“功能類”的一個(gè)不足之處，這就需要結(jié)合相關(guān)的生物學(xué)知識(shí)才能夠?qū)崿F(xiàn)

理由二：

GO（gene ontology）對(duì)大家而言也許會(huì)是一個(gè)相對(duì)陌生的名詞，但是它已經(jīng)成為生物信息領(lǐng)域中一個(gè)極為重要的方法和工具，并正在逐步改變著我們對(duì) biological data的組織和理解方式，它的存在已經(jīng)大大加快了我們對(duì)所擁有的生物數(shù)據(jù)的整合和利用，我們應(yīng)該逐步學(xué)會(huì)理解和掌握這種思想和工具。

眾所周知，sequence based biology中的核心內(nèi)容即是對(duì)序列的Annotation（注釋），其中主要包含structural annotation和functional annotation，前者涉及分析sequence在genome中的locus以及exon，intron，promoter等的location，而后者則是推斷序列編碼產(chǎn)物的功能

隨著多種生物genome的相繼解碼，同時(shí)大量ESTs以及gene expression profile date的積累，使得annotation的工作量和復(fù)雜度大大增加。然而另一方面，大多數(shù)基因在不同真核生物中擁有共同的主要生物功能，通過在某些物種中獲得的基因或者蛋白質(zhì)（shared protein）的生物學(xué)信息，可以用以解釋其他物種中對(duì)應(yīng)的基因或蛋白（especially in comparative genomics）。由于這些繁復(fù)的功能信息主要是包含在積累的文獻(xiàn)之中，如何有效的提取和綜合這些信息就是我們面臨的核心困難，這也是GO所要著力解決的問題。通過建立一套具有動(dòng)態(tài)形式的控制字集（controlled vocabulary），來解釋真核基因及蛋白在細(xì)胞內(nèi)所扮演的角色，并隨著生命科學(xué)研究的進(jìn)步，不斷積累和更新。一個(gè)ontology會(huì)被一個(gè)控制字集來描述并給予一定的名稱，通過制定“本體”ontologies并運(yùn)用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法及自然語言處理技術(shù)，可以實(shí)現(xiàn)知識(shí)管理的專家系統(tǒng)控制

總結(jié)：

Gene Ontology（GO）包含了基因參與的生物過程，所處的細(xì)胞位置，發(fā)揮的分子功能三方面功能信息，并將概念粗細(xì)不同的功能概念組織成DAG（有向無環(huán)圖）的結(jié)構(gòu)。

Gene Ontology是一個(gè)使用有控制的詞匯表和嚴(yán)格定義的概念關(guān)系，以有向無環(huán)圖的形式統(tǒng)一表示各物種的基因功能分類體系，從而較全面地概括了基因的功能信息，糾正了傳統(tǒng)功能分類體系中常見的維度混淆問題。

在基因表達(dá)譜分析中，GO常用于提供基因功能分類標(biāo)簽和基因功能研究的背景知識(shí)。利用GO的知識(shí)體系和結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，旨在發(fā)掘與基因差異表達(dá)現(xiàn)象關(guān)聯(lián)的單個(gè)特征基因功能類或多個(gè)特征功能類的組合。

原文：

GO語言（三十二）：訪問關(guān)系型數(shù)據(jù)庫（下）

在本節(jié)中，您將使用 Go 執(zhí)行 SQL INSERT語句以向數(shù)據(jù)庫添加新行。

您已經(jīng)了解了如何使用Query和QueryRow處理返回?cái)?shù)據(jù)的 SQL 語句。要執(zhí)行 不 返回?cái)?shù)據(jù)的 SQL 語句，請(qǐng)使用Exec.

1、在albumByID下面，粘貼以下addAlbum函數(shù)以在數(shù)據(jù)庫中插入新專輯，然后保存 main.go。

在此代碼中：

（1）用DB.Exec執(zhí)行INSERT語句。

Exec接受一條 SQL 語句，后跟 SQL 語句的參數(shù)值。

（2）檢查嘗試INSERT中的錯(cuò)誤。

（3）使用Result.LastInsertId檢索插入的數(shù)據(jù)庫行的 ID 。

（4）檢查嘗試檢索 ID 的錯(cuò)誤。

2、更新main以調(diào)用新addAlbum函數(shù)。

在main函數(shù)末尾添加以下代碼。

在新代碼中：

（1）調(diào)用addAlbum添加新專輯，將要添加的專輯的 ID 分配給albID變量。

從包含 main.go 目錄的命令行中，運(yùn)行代碼。

恭喜！您剛剛使用 Go 對(duì)關(guān)系數(shù)據(jù)庫執(zhí)行了簡單的操作。

本節(jié)包含您使用本教程構(gòu)建的應(yīng)用程序的代碼。

GO語言（三十）：訪問關(guān)系型數(shù)據(jù)庫（上）

本教程介紹了使用 Godatabase/sql及其標(biāo)準(zhǔn)庫中的包訪問關(guān)系數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)知識(shí)。

您將使用的database/sql包包括用于連接數(shù)據(jù)庫、執(zhí)行事務(wù)、取消正在進(jìn)行的操作等的類型和函數(shù)。

在本教程中，您將創(chuàng)建一個(gè)數(shù)據(jù)庫，然后編寫代碼來訪問該數(shù)據(jù)庫。您的示例項(xiàng)目將是有關(guān)老式爵士樂唱片的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫。

首先，為您要編寫的代碼創(chuàng)建一個(gè)文件夾。

1、打開命令提示符并切換到您的主目錄。

在 Linux 或 Mac 上：

在 Windows 上：

2、在命令提示符下，為您的代碼創(chuàng)建一個(gè)名為 data-access 的目錄。

3、創(chuàng)建一個(gè)模塊，您可以在其中管理將在本教程中添加的依賴項(xiàng)。

運(yùn)行g(shù)o mod init命令，為其提供新代碼的模塊路徑。

此命令創(chuàng)建一個(gè) go.mod 文件，您添加的依賴項(xiàng)將在其中列出以供跟蹤。

注意： 在實(shí)際開發(fā)中，您會(huì)指定一個(gè)更符合您自己需求的模塊路徑。有關(guān)更多信息，請(qǐng)參閱一下文章。

GO語言（二十五）：管理依賴項(xiàng)（上）

GO語言（二十六）：管理依賴項(xiàng)（中）

GO語言（二十七）：管理依賴項(xiàng)（下）

接下來，您將創(chuàng)建一個(gè)數(shù)據(jù)庫。

在此步驟中，您將創(chuàng)建要使用的數(shù)據(jù)庫。您將使用 DBMS 本身的 CLI 創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫和表，以及添加數(shù)據(jù)。

您將創(chuàng)建一個(gè)數(shù)據(jù)庫，其中包含有關(guān)黑膠唱片上的老式爵士樂錄音的數(shù)據(jù)。

這里的代碼使用MySQL CLI，但大多數(shù) DBMS 都有自己的 CLI，具有類似的功能。

1、打開一個(gè)新的命令提示符。

在命令行，登錄到您的 DBMS，如下面的 MySQL 示例所示。

2、在mysql命令提示符下，創(chuàng)建一個(gè)數(shù)據(jù)庫。

3、切到您剛剛創(chuàng)建的數(shù)據(jù)庫，以便您可以添加表。

4、在文本編輯器的 data-access 文件夾中，創(chuàng)建一個(gè)名為 create-tables.sql 的文件來保存用于添加表的 SQL 腳本。

將以下 SQL 代碼粘貼到文件中，然后保存文件。

在此 SQL 代碼中：

（1）刪除名為album表。 首先執(zhí)行此命令可以讓您更輕松地稍后重新運(yùn)行腳本。

（2）創(chuàng)建一個(gè)album包含四列的表：title、artist和price。每行的id值由 DBMS 自動(dòng)創(chuàng)建。

（3）添加帶有值的四行。

5、在mysql命令提示符下，運(yùn)行您剛剛創(chuàng)建的腳本。

您將使用以下形式的source命令：

6、在 DBMS 命令提示符處，使用SELECT語句來驗(yàn)證您是否已成功創(chuàng)建包含數(shù)據(jù)的表。

接下來，您將編寫一些 Go 代碼進(jìn)行連接，以便進(jìn)行查詢。

現(xiàn)在你已經(jīng)有了一個(gè)包含一些數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫，開始你的 Go 代碼。

找到并導(dǎo)入一個(gè)數(shù)據(jù)庫驅(qū)動(dòng)程序，該驅(qū)動(dòng)程序會(huì)將您通過database/sql包中的函數(shù)發(fā)出的請(qǐng)求轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)庫可以理解的請(qǐng)求。

1、在您的瀏覽器中，訪問SQLDrivers wiki 頁面以識(shí)別您可以使用的驅(qū)動(dòng)程序。

2、使用頁面上的列表來識(shí)別您將使用的驅(qū)動(dòng)程序。為了在本教程中訪問 MySQL，您將使用 Go-MySQL-Driver。

3、請(qǐng)注意驅(qū)動(dòng)程序的包名稱 - 此處為github.com/go-sql-driver/mysql.

4、使用您的文本編輯器，創(chuàng)建一個(gè)用于編寫 Go 代碼的文件，并將該文件作為 main.go 保存在您之前創(chuàng)建的數(shù)據(jù)訪問目錄中。

5、進(jìn)入main.go，粘貼以下代碼導(dǎo)入驅(qū)動(dòng)包。

在此代碼中：

（1）將您的代碼添加到main包中，以便您可以獨(dú)立執(zhí)行它。

（2）導(dǎo)入 MySQL 驅(qū)動(dòng)程序github.com/go-sql-driver/mysql。

導(dǎo)入驅(qū)動(dòng)程序后，您將開始編寫代碼以訪問數(shù)據(jù)庫。

現(xiàn)在編寫一些 Go 代碼，讓您使用數(shù)據(jù)庫句柄訪問數(shù)據(jù)庫。

您將使用指向結(jié)構(gòu)的指針sql.DB，它表示對(duì)特定數(shù)據(jù)庫的訪問。

編寫代碼

1、進(jìn)入 main.go，在import您剛剛添加的代碼下方，粘貼以下 Go 代碼以創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫句柄。

在此代碼中：

（3）使用 MySQL 驅(qū)動(dòng)程序Config和FormatDSN類型以收集連接屬性并將它們格式化為連接字符串的 DSN。

該Config結(jié)構(gòu)使代碼比連接字符串更容易閱讀。

（4）調(diào)用sql.Open 初始化db變量，傳遞 FormatDSN。

（5）檢查來自 的錯(cuò)誤sql.Open。例如，如果您的數(shù)據(jù)庫連接細(xì)節(jié)格式不正確，它可能會(huì)失敗。

為了簡化代碼，您調(diào)用log.Fatal結(jié)束執(zhí)行并將錯(cuò)誤打印到控制臺(tái)。在生產(chǎn)代碼中，您會(huì)希望以更優(yōu)雅的方式處理錯(cuò)誤。

（6）調(diào)用DB.Ping以確認(rèn)連接到數(shù)據(jù)庫有效。在運(yùn)行時(shí)， sql.Open可能不會(huì)立即連接，具體取決于驅(qū)動(dòng)程序。您在Ping此處使用以確認(rèn) database/sql包可以在需要時(shí)連接。

（7）檢查來自Ping的錯(cuò)誤，以防連接失敗。

（8）Ping如果連接成功，則打印一條消息。

文件的頂部現(xiàn)在應(yīng)該如下所示：

3、保存 main.go。

1、開始跟蹤 MySQL 驅(qū)動(dòng)程序模塊作為依賴項(xiàng)。

使用go get 添加 github.com/go-sql-driver/mysql 模塊作為您自己模塊的依賴項(xiàng)。使用點(diǎn)參數(shù)表示“獲取當(dāng)前目錄中代碼的依賴項(xiàng)”。

2、在命令提示符下，設(shè)置Go 程序使用的DBUSER和DBPASS環(huán)境變量。

在 Linux 或 Mac 上：

在 Windows 上：

3、在包含 main.go 的目錄中的命令行中，通過鍵入go run來運(yùn)行代碼。

連接成功了！

接下來，您將查詢一些數(shù)據(jù)。

名稱欄目：go語言數(shù)據(jù)科學(xué)庫 go語言函數(shù)庫
網(wǎng)站URL：http://www.chinadenli.net/article36/doojcpg.html

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