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TSNAdb是一個腫瘤特異性新抗原的數(shù)據(jù)庫，從TCGA和TCIA數(shù)據(jù)庫中收集了16種腫瘤共7748個腫瘤樣本的體細胞突變和HLA alleles信息，然后分別使用NetMHCpan v2.8和NetMHCpan v4.0兩款軟件來預測突變的肽段與HLA之間的親和力

數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb

構建的pipeline 圖示如下

在原始分析結果的基礎上，提供了瀏覽，檢索，驗證和下載的功能。

1. Browser

通過基因名稱來查看相關的腫瘤新抗原，可以指定分析的軟件和腫瘤類型，檢索框示意如下

結果示意如下

2. Search

通過基因名稱進行檢索，檢索框示意如下

檢索結果以熱圖進行展示，示意如下

熱圖中的每個格子代表突變的肽段與HLA alleles之前的結合親和性，親和性從低到高，顏色從黃色過渡到紅色，有顏色的單元格代表一個腫瘤新抗原，鼠標懸浮到對應的單元格上可以顯示突變，HLA Allel, 親和性數(shù)值等具體信息。

3. Validation

利用IEDB數(shù)據(jù)庫中提供的肽段與HLA親和性數(shù)據(jù)進行驗證，結果示意如下

4. Download

將分析結果按照不同的腫瘤類型分開，示意如下

通過TSNAdb可以快速檢索腫瘤新抗原，分析查找多種腫瘤中共享的新抗原，有助于尋找新的免疫治療靶點。

感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“TSNAdb是一個什么數(shù)據(jù)庫”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持創(chuàng)新互聯(lián)，關注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!

網(wǎng)站題目：TSNAdb是一個什么數(shù)據(jù)庫
網(wǎng)址分享：http://www.chinadenli.net/article30/piddpo.html

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