【R語(yǔ)言作圖】富集分析結(jié)果直方圖

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

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直方圖(Histogram)，又稱質(zhì)量分布圖，是一種統(tǒng)計(jì)報(bào)告圖，由一系列高度不等的縱向條紋或線段組成，表示數(shù)據(jù)分布的情況。 一般用橫軸(X軸)表示數(shù)據(jù)類型，縱軸(Y軸)表示分布(相應(yīng)值的頻數(shù))情況。

R語(yǔ)言繪圖系列：標(biāo)度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標(biāo)度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標(biāo)度也為我們提供了讀圖時(shí)所使用的工具，比如說(shuō)坐標(biāo)軸和圖例。總的來(lái)說(shuō)，可以稱為引導(dǎo)元素。

利用R包rworldmap & rworldxtra來(lái)作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個(gè)國(guó)家對(duì)應(yīng)一個(gè)坐標(biāo)，一個(gè)國(guó)家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶數(shù)據(jù)構(gòu)建新的畫圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

步驟 新建一個(gè)空白的project，然后導(dǎo)入數(shù)據(jù)，可以粘貼復(fù)制，也可以用導(dǎo)入數(shù)據(jù)。請(qǐng)點(diǎn)擊輸入圖片描述 選中數(shù)據(jù)--點(diǎn) Plot Column/Bar/PieColumn，軟件就會(huì)自動(dòng)計(jì)算生成直方統(tǒng)計(jì)圖。

在繪制直方圖時(shí)，大家可以使用hist(x)這個(gè)函數(shù)，其中x就是需要進(jìn)行可視化的數(shù)據(jù)，當(dāng)然這個(gè)函數(shù)還有一個(gè)參數(shù)就是freq，其默認(rèn)設(shè)置是freq=NULL。

R語(yǔ)言可視化通路富集網(wǎng)絡(luò)圖

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

有沒(méi)有程序包我不知道，但是這個(gè)可以用plot描點(diǎn)，lines連線，可以批量的 。

首先有一個(gè)plot.grid(nx=8， ny=8，lwd=1，lty=2，col=blue)#畫8*8網(wǎng)絡(luò)。

這兩款R包都是基于瀏覽器的JavaScript可視化庫(kù)，用于交互式的展示圖形，這里我們還用到剛才的示例數(shù)據(jù)來(lái)展示。

R語(yǔ)言繪圖系列：在不確定將圖例添加在什么位置時(shí)，可使用 locator函數(shù) 。 locator()函數(shù)可以定位圖上的點(diǎn)。運(yùn)行l(wèi)ocator函數(shù)之后在圖上隨便點(diǎn)一個(gè)點(diǎn)，點(diǎn)擊finish就會(huì)返回剛剛那個(gè)點(diǎn)的位置坐標(biāo)。

首先利用r語(yǔ)言的install中的packages方法，輸入?yún)?shù)【xlsx】即可。此時(shí)利用library(xlsx)語(yǔ)句，打開xlsx這個(gè)庫(kù)。此時(shí)通過(guò)read的xlsx語(yǔ)法就能讀取某個(gè)文件夾下的Excel文件。

【R畫圖】GOplot

ggplot2是R語(yǔ)言第三方可視化擴(kuò)展包，在某種程度上它基本代替了R可視化。該包是RStudio首席科學(xué)家Hadley Wickham讀博期間的作品，它強(qiáng)大的畫圖邏輯使得它稱為R最流行的包之一。更多知識(shí)分享請(qǐng)到 https：//zouhua.top/ 。

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

plot是R中的基本畫圖工具，直接plot(x)，x為一個(gè)數(shù)據(jù)集，就能畫出圖。細(xì)節(jié)往往制勝的關(guān)鍵，所以就詳細(xì)來(lái)看下plot的所有可設(shè)置參數(shù)及參數(shù)設(shè)置方法。

ggsurvplot(fit， #生存分析結(jié)果 data = NULL， # a dataset used to fit survival curves fun = NULL， # 定義生存曲線轉(zhuǎn)換的任意函數(shù)。

) 要求的輸入格式；一個(gè)二進(jìn)制的關(guān)系矩陣， 1 表示基因?qū)儆谠揋O Term， 0 與之相反。

網(wǎng)站欄目：超全的R語(yǔ)言畫GO富集圖 r語(yǔ)言中繪圖
網(wǎng)站路徑：http://www.chinadenli.net/article24/dccehce.html

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