小編給大家分享一下Juicebox工具有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

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Juicer軟件運行之后會得到后綴為hic的結果文件，該文件可以導入到juicebox這個工具中進行可視化。該工具是一款圖形界面工具，可以方便的查看和展示Hi-C圖譜，從以下鏈接可以下載該軟件

https://github.com/aidenlab/juicebox/wiki/Download

采用javar語言開發(fā)的GUI工具，支持多個平臺。啟動之后的界面如下所示

通過File->open可以導入后綴為hic的文件進行查看，可以導入本地的文件，也可以輸入url。軟件也內置了ENCODE的數(shù)據(jù)集，示意如下

雙擊即可導入，導入之后的界面如下

首先展示的是所有染色體的HI-C圖譜，通過工具欄可以選擇染色質，調整分辨率，對交互矩陣進行歸一化，調整顯示的染色質區(qū)域。以17號染色質體為例，在Chromosomes一欄中，兩列都選擇17號染色體，代表交互矩陣的行和列都是17號染色體，然后點擊右邊的刷新按鈕，結果如下

通過Normalization工具調整歸一化方法；通過Resolution工具調整分辨率；通過Goto工具調整顯示的染色體區(qū)域。

通過簡單的操作就可以查看和展示Hi-C圖譜了，除了這些基本功能外，還支持導入注釋文件，通過View->Show Annotation Panel可以打開注釋文件面板，注釋信息分為1D和2D的兩種，1D的主要指的是chip_seq,RNA_seq等信息，2D指的是TAD,染色質環(huán)等信息，通過Load ENCODE可以導入ENCODE數(shù)據(jù)庫中的一維注釋，示意如下

勾選需要導入的注釋信息，通過Load進行導入，打入之后界面如下

每個導入的track的顏色等配置可以在面板中進行調整，如下所示

通過Load Loops/Domain可以導入2D的注釋信息，示意如下

導入之后在Hi-C圖譜中看到對應的標記，如下所示

黃色區(qū)域標記的是TAD, 淺藍色區(qū)域標記的是染色質環(huán)，調整好之后的圖片也可以導出成PDF或者SVG格式。

通過juicebox, 可以動態(tài)探索Hi-C圖譜，輕松實現(xiàn)高質量的Hi-C圖片可視化效果。

以上是“Juicebox工具有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！

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