【R語言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問題

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

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但是該方法存在一個很大的問題，那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時，那么就無法通過這樣的方法進行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫布，那么反過來，我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

【R畫圖】GOplot

1、ggplot2是R語言第三方可視化擴展包，在某種程度上它基本代替了R可視化。該包是RStudio首席科學(xué)家Hadley Wickham讀博期間的作品，它強大的畫圖邏輯使得它稱為R最流行的包之一。更多知識分享請到 https：//zouhua.top/ 。

2、最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

3、plot是R中的基本畫圖工具，直接plot(x)，x為一個數(shù)據(jù)集，就能畫出圖。細節(jié)往往制勝的關(guān)鍵，所以就詳細來看下plot的所有可設(shè)置參數(shù)及參數(shù)設(shè)置方法。

如何用R語言畫圖

利用R包rworldmap & rworldxtra來作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個國家對應(yīng)一個坐標(biāo)，一個國家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶數(shù)據(jù)構(gòu)建新的畫圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

最好的方法是創(chuàng)建一個腳本文件然后用命令調(diào)用設(shè)備驅(qū)動程序(通常是pdf或者png格式)，運行繪圖代碼，然后用一個dev.off() 結(jié)束命令。

匿名參數(shù)是類型名稱，col，lty，pch 是對應(yīng)的顏色，線類型，和點類型。

這里主要介紹下在R語言中繪制地圖的個人琢磨的思路。繪制地圖步驟有三：你得需要繪制地圖；(約等于廢話)你得有要繪制地圖的地理信息，經(jīng)緯度啊，邊界啊等等；你得利用2的數(shù)據(jù)在R中畫出來。

首先，下載并安裝好R軟件。打開R軟件，可以看到R軟件主窗口。2 為了方便編輯代碼，一般不在主窗口直接輸入程序。我們可以點擊“文件——新建程序腳本”，出現(xiàn)R編輯器。我們將在此輸入需要運行的命令。3 使用因子格式輸入數(shù)據(jù)。

這里，我們采用了stripchart函數(shù)以及RColorBrewer包來添加數(shù)據(jù)點并調(diào)整顏色。注意，此時應(yīng)當(dāng)利用boxplot函數(shù)里面的內(nèi)置參數(shù)names設(shè)置每個箱線圖的特征名。并且將stripchart函數(shù)里面的數(shù)據(jù)用列表并起來。

網(wǎng)頁名稱：如何用r語言做go氣泡圖 r語言氣泡圖怎么做
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