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研究轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因有兩種常用的手段，第一種就是利用chip-seq等方式，研究特定轉(zhuǎn)錄因子在基因組的結(jié)合位置，從而判斷其調(diào)控的基因，因?yàn)橛袑?shí)驗(yàn)證據(jù)的支持，所以這種方式得到的調(diào)控基因會(huì)更加可信，存在的問(wèn)題就是peak calling時(shí)的假陽(yáng)性率問(wèn)題。

另外一種方式是建立在轉(zhuǎn)錄因子的motif已知的情況下，可以采用FIMO等軟件在基因的啟動(dòng)子序列上進(jìn)行查找，如果能夠匹配上，說(shuō)明該基因可能是靶基因，這種方式就是單純的通過(guò)計(jì)算手段來(lái)預(yù)測(cè)靶基因，相對(duì)而言，假陽(yáng)性率會(huì)更高。

TFTG數(shù)據(jù)庫(kù)全稱是Transcription Factor Target Gene Databse, 是一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)合實(shí)驗(yàn)手段和分析手段來(lái)研究轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系，示意圖如下

對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子USF1而言，其motif已知，首先利用FIMO軟件在基因的啟動(dòng)子去查找對(duì)應(yīng)的motif, 這里啟動(dòng)子區(qū)定義為轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)TSS上下游5KB, 通過(guò)這種方式找到了3個(gè)候選的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)TFBS。

然后根據(jù)DNAse-seq的結(jié)果，可以排除第三個(gè)位點(diǎn)，因?yàn)槠淙旧|(zhì)不是開(kāi)放狀態(tài)，然后根據(jù)DGF印跡法的結(jié)果，排除了第一個(gè)位點(diǎn)，在該位點(diǎn)沒(méi)有任何的印跡。最后結(jié)合該轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq實(shí)驗(yàn)的結(jié)果，基本可以確定第二個(gè)候選位點(diǎn)是一個(gè)真實(shí)的TFBS。

該數(shù)據(jù)庫(kù)綜合利用上述多種實(shí)驗(yàn)和分析手段，最終構(gòu)建出一個(gè)高可信度的轉(zhuǎn)錄因子靶基因調(diào)控?cái)?shù)據(jù)集。通過(guò)官網(wǎng)的檢索功能，可以查看某個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子而言，以TP53_MA0106.1為例，檢索結(jié)果包含了以下信息

1. sequence logo

2. 轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因

對(duì)于基因而言，以AACS為例，檢索結(jié)果包含了以下信息

1. 基本信息

2. TFBS

該數(shù)據(jù)庫(kù)是免費(fèi)下載的，提供了以下兩種數(shù)據(jù)

excel文件中保存的是所有轉(zhuǎn)錄因子的名字，對(duì)應(yīng)的基因信息，示意如下

壓縮文件中保存的是每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因信息。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)，我們不僅可以得到轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因信息，更加值得借鑒的是它解決問(wèn)題的思路，綜合實(shí)驗(yàn)手段和計(jì)算手段來(lái)降低假陽(yáng)性率。

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新聞名稱：TFTG數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用
文章地址：http://www.chinadenli.net/article14/pgdhde.html

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