【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

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?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

GO 和 KEGG 的區(qū)別

1、屬性不同

Go（又稱 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 開發(fā)的一種靜態(tài)強類型、編譯型語言。功能：內(nèi)存安全，GC（垃圾回收），結(jié)構(gòu)形態(tài)及 CSP-style 并發(fā)計算。

KEGG 是了解高級功能和生物系統(tǒng)（如細胞、 生物和生態(tài)系統(tǒng)），從分子水平信息，尤其是大型分子數(shù)據(jù)集生成的基因組測序和其他高通量實驗技術(shù)的實用程序數(shù)據(jù)庫資源，是國際最常用的生物信息數(shù)據(jù)庫之一，以“理解生物系統(tǒng)的高級功能和實用程序資源庫”著稱。

2、性質(zhì)不同

go是計算機編程語言。

KEGG基因組破譯方面的數(shù)據(jù)庫。

擴展資料：

Go的語法接近C語言，但對于變量的聲明有所不同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以東尼·霍爾的通信順序進程（CSP）為基礎(chǔ)，采取類似模型的其他語言包括Occam和Limbo。

但它也具有Pi運算的特征，比如通道傳輸。在1.8版本中開放插件（Plugin）的支持，這意味著現(xiàn)在能從Go中動態(tài)加載部分函數(shù)。

與C++相比，Go并不包括如枚舉、異常處理、繼承、泛型、斷言、虛函數(shù)等功能，但增加了 切片(Slice) 型、并發(fā)、管道、垃圾回收、接口（Interface）等特性的語言級支持。Go 2.0版本將支持泛型，對于斷言的存在，則持負面態(tài)度，同時也為自己不提供類型繼承來辯護。

不同于Java，Go內(nèi)嵌了關(guān)聯(lián)數(shù)組（也稱為哈希表（Hashes）或字典（Dictionaries）），就像字符串類型一樣。

KEGG是一個整合了基因組、化學和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫。把從已經(jīng)完整測序的基因組中得到的基因目錄與更高級別的細胞、物種和生態(tài)系統(tǒng)水平的系統(tǒng)功能關(guān)聯(lián)起來是KEGG數(shù)據(jù)庫的特色之一。

人工創(chuàng)建了一個知識庫，這個知識庫是基于使用一種可計算的形式捕捉和組織實驗得到的知識而形成的系統(tǒng)功能知識庫。它是一個生物系統(tǒng)的計算機模擬。

與其他數(shù)據(jù)庫相比，KEGG 的一個顯著特點就是具有強大的圖形功能，它利用圖形而不是繁縟的文字來介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系，這樣可以使研究者能夠?qū)ζ渌芯康拇x途徑有一個直觀全面的了解。

參考資料來源：百度百科-go

參考資料來源：百度百科-KEGG

R語言可視化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結(jié)果。既然做了GO，當然少不了KEGG了。

同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結(jié)果。

對于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結(jié)合在一起，效果更豐富更好看一點。

網(wǎng)站標題：gokeggr語言 go語言是干嘛的
文章路徑：http://www.chinadenli.net/article22/ddoihcc.html

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